这几型手术，尤其是后三型将带来种种近远期并发症。由于不可避免地要损伤血管，出血是很常见的问题。休克，因失血和不麻醉造成的剧痛所致，甚至可造成死亡。感染也是很常见的，如破伤风和败血症时有发生，有时甚至是致命性的。术后几天内的尿潴留也很常见，这往往是由于疼痛、害怕和组织肿胀导致姑娘们在术后不能排尿，并导致疼痛加剧和尿道感染。损伤也可累及生殖器周围组织，包括尿道、阴道、会阴或直肠。

　　长期副作用包括硬瘢痕对初次性交或分娩的影响。由于外部皮肤缝合过紧可形成囊肿，甚至大到需要外科切除，囊肿还可合并感染或形成脓肿。当留存的排出孔太小时月经血可能潴留，月经残渣和尿道沉渣可以在阴道内沉积，形成阴道“结石”，严重时可形成撕裂、尿瘘或粪瘘。这些瘘管不仅危及健康，还给妇女造成许多社会问题。

　　因为性交插入的困难或炎症还可造成不育，特别是在婚姻早期。这些接受过割治手术的妇女往往遇到很多性问题，它们会严重损伤性关系。最后，女性环切术还可造成许多心理问题，如焦虑、抑郁、神经症和精神病。

　　传统势力顽固得很，因此要废除它的第一步是开展公众教育，利用一切可以利用的媒介来指明它所能引起的健康和社会问题。要以雄辩的事实驳倒其拥戴者的种种借口。要赢得接生婆等的支持是不容易的，因为手术是她们的生财之道。虽然国际舆论力主废除这一不人道的手术，虽然有关国家的法律条文多已限制这一手术的继续开展，但事实上各种努力的收效至今甚微，所以必须作出努力，以解救数以千万计的妇女和儿童不再受到残害。

　　目前西方国家针对女性无高潮患者中有些人阴蒂包皮过长、阴蒂无法外露而进行的包皮环切术则是另一件事，目的在于增进性的快感。